2005年6月3日，国务院南水北调工程建设委员会办公室和国土资源部联合印发《关于南水北调工程建设用地有关问题的通知》，全文如下：
关于南水北调工程建设用地有关问题的通知
北京、天津、河北、山东、江苏、河南、湖北等省(市)国土资源厅(国土资源局、规划和国土资源局)、南水北调工程建设办事机构、移民局(办)，南水北调工程各项目法人(筹备机构):
建设南水北调工程是党中央、国务院根据我国经济社会发展的需要，为推动经济结构的战略性调整，解决我国北方地区水资源严重短缺问题，改善生态环境和工农业生产条件，提高人民生活水平做出的重大决策。工程建设规模大，涉及地域广，建设周期长，用地情况复杂。为进一步明确政策，保证工程建设依法、科学、集约、规范用地，根据《土地管理法》、《南水北调工程建设征地补偿和移民安置暂行办法》和国家有关规定，现将南水北调工程建设用地有关问题通知如下:
一、关于建设项目用地预审
针对南水北调工程前期工作的特殊性，南水北调工程东线、中线工程除已通过建设项目用地预审的单项工程外，可由国务南水北调工程建设委员会办公室(以下简称国务院南水北调办)会同有关部门组织各项目法人，以总体可行性研究报告为单位总整理用地预审材料，一次性向国土资源部申请用地预审。国务院批复的南水北调工程总体规划作为用地预审的依据。国土资源部出具的用地预审意见，作为批准总体可行性研究报告的必备材料。在总体可行性研究报告审批之前需要开工的单项工程，可分别按规定办理建设项目用地预审。
南水北调工程已列入《全国土地利用总体规划纲要》，具体建设项目由国务院及国务院有关部门批准、核准的，用地涉及家用地转用、占用耕地的，在项目法人报批用地时由国土资源部直接配给农用地转用计划指标。国务院南水北调办在每年第三季度末将下年度开工专案用地计划报国土资源部，同时抄送有关省级国土资源部门。
因工程选线(址)原因，确实无法避开占用部分基本农田的，要在开展土地资源调查的基础上，按有关规定补划相同数量的基本农田，保证当地基本农田面积不减少、质量不降低。市、县国土资源部门编制的土地利用总体规划调整方案随其他建设用地报批材料一同报批。
二、关于永久性用地申报
南水北调工程各单项工程建设用地可分别组织报批。各项目法人按照工程进度安排，在开工用地或蓄水前3个月分别向有关市、县国土资源部门提出用地申请，经省级国土资源部门审核，以省为单位一次性报国务院批准。
移民安置用地由各项目法人或移民部门按照移民规划进度安排，在移民搬迁前6个月向有关市、县国土资源部门提出用地申请，纳入城市或村庄、集镇建设用地，依法报有批准权一级人民政府批准。
三、关于建设用地报批材料
南水北调工程各单项工程可行性研究报告批复文件、初步设计批复文件、建设项目用地预审意见、压占矿产资源审核意见、地质灾害危险性评估、占用林地审核同意书等共性用地报批材料，由各项目法人直接提供给省级国土资源部门，由省级国土资源部门统一汇总并整理;工程建设所在地市、县国土资源部门负责拟订、编绘并整理用地呈报材料"一书四方案"、报批所需图件等基础性材料。
南水北调工程各单项工程建设用地报批材料减少为一套文字材料、一套图件材料，有关电子数据随建设用地报批材料一同报部。
四、关于控制工期的单体工程先行用地
南水北调工程部分控制工期的关键性单体工程，确需先行开工用地的，在工程初步设计批准后，由项目法人向省级国土资源部门提出先行用地申请，并同时抄送用地涉及的市、县国土资源部门。有关省级国土资源部门报国土资源部审查同意后，控制工期的单体工程可先行施工用地。有关省级国土资源部门要督促地方政府和建设单位在先行用地批准后3个月内将建设用地正式报批材料报国土资源部审查。
五、关于征地补偿安置
南水北调工程征地补偿费按照国务院南水北调工程建设委员会确定的标准计入工程总投资。有关省(市)人民政府应按照与国务院南水北调办签订的《南水北调主体工程建设征地补偿和移民安置责任书》要求，制定本省(市)具体的补偿兑付办法。按上述标准和办法执行尚不足以保证被征地农民生活水平不降低，长远生计有保障的，当地人民政府可以用国有土地有偿使用收入予以补贴。有关地方人民政府要加强对征地补偿费用分配使用的监如督管理，维护被征地农民的合法权益。
工程建设涉及使用其他单位或者个人依法使用的固有农用地的，参照征地补偿费用标准给予补偿。使用其他单位或者个人依法使用的国有建设用地的，按用地实际情况经协商按有关规定办理。使用无明确使用单位的国有未利用地，可不予补偿。
六、关于耕地占补平衡
南水北调工程建设占用耕地，由各项目法人负责补充数量和质量相当的耕地;没有条件补充或补充的耕地不符合要求的，应按规定缴纳耕地开垦费。补充耕地的具体办法，按照国土资源部、原国家经贸委、水利部《关于水利水电工程建设用地有关问题的通知》（国土资发〔2001〕355号)有关规定执行。
有关地方国土资源部门要按照建设项目补充耕地与土地开发整理复垦项目挂钩的要求，按规定确定和实施土地开发整理复垦项目，切实完成耕地占补平衡任务。有关省级国土资源部门要对补充耕地的落实情况进行监督检查并组织验收，验收结果报国土资源部备查。
七、关于有关部门的工作配合
为保证南水北调工程依法、及时用地，决定成立"南水北调工程用地协调小组"，组成单位和人员名单见附件。用地涉及各省(市)相关部门也应成立相应的用地协调机构，加强组织领导和工作配合。
国土资源等部门开展工作所需经费应予以保证，可通过签订合同协议的形式明确责任、任务，协商落实。
国土资源部
国务院南水北调办公室