2003年2月28日　按照国务院领导同志要求，国务院南水北调工程建设委员会办公室筹备组正式成立，开展筹备工作。

    2003年4月　南水北调工程基金工作小组成立。

    2003年7月31日　国务院决定成立国务院南水北调工程建设委员会。建设委员会由国务院有关领导同志、中央有关部门和有关省市主要负责同志组成，国务院总理温家宝任建设委员会主任，国务院副总理曾培炎、回良玉任副主任。

    2003年8月4日　国务院批准国务院南水北调工程建设委员会办公室主要职责、内设机构和人员编制，明确国务院南水北调工程建设委员会办公室承担南水北调工程建设期的工程建设行政管理职能，内设综合司、投资计划司、经济与财务司、建设管理司、环境与移民司和监督司6个职能机构。

    2003年8月13日　中共中央组织部沈跃跃副部长宣布中共中央关于张基尧等同志任职通知。中央决定，成立国务院南水北调工程建设委员会办公室党组，张基尧同志任国务院南水北调工程建设委员会办公室党组书记，李铁军、宁远任国务院南水北调工程建设委员会办公室党组成员；张基尧同志任国务院南水北调工程建设委员会办公室主任，李铁军、宁远同志任副主任。

    2003年8月14日　国务院南水北调工程建设委员会第一次全体会议在京召开。中共中央政治局常委、国务院总理温家宝主持会议并发表重要讲话，国务院副总理、建设委员会副主任曾培炎、回良玉出席会议并讲话，建设委员会全体成员出席了会议。会议听取了国务院南水北调工程建设委员会办公室主任张基尧代表建设委员会办公室向会议做的关于南水北调工作情况的汇报，审议并原则通过提请建设委员会第一次全体会议审议的建设委员会工作规则、2003年拟开工项目及中央投资、东线治污规划实施意见、加强前期工作有关问题。

    2003年10月2日，国务院批转南水北调办等六部门《关于南水北调东线工程治污规划实施意见》。10月15日，南水北调办会同发展改革委召开南水北调东线工程治污工作会议。南水北调办与江苏、山东两省签订东线治污目标责任书。12月28日，山东东明县城市污水处理厂开工建设。

    2003年10月29日，国务院南水北调建委批准南水北调办提出的《南水北调工程项目法人组建方案》。11月5日，南水北调办组织召开“南水北调工程建设工作座谈会”，部署项目法人组建工作。

    2003年12月，在各省测算和征求各有关部门、有关省市意见的基础上，南水北调工程基金方案和征收管理办法报批稿已经形成。

    2003年12月25日，十届全国人大常委会第六次会议听取并审议张基尧同志受国务院委托所作的《关于南水北调工程建设情况与下一步安排的的报告》。

    2003年12月28日，南水北调办迁入宣武区南线阁街58号新址，正式挂牌办公。

    2003年12月30日，南水北调中线京石段应急供水工程的永定河倒虹吸、滹沱河倒虹吸工程开工建设。