2009年1月1日 《中国南水北调》报正式创刊，成为宣传党和国家建设南水北调工程方针政策、部署要求的喉舌，传达国务院南水北调建委会决策部署和国务院南水北调办工作安排的重要渠道，弘扬南水北调精神和文化的舆论阵地，联系社会及广大建设者的桥梁和纽带。
2009年1月5日 南水北调中线京石段应急供水工程建成通水表彰大会在北京召开，全面总结京石段工程建设经验，对工程建设中涌现出的先进集体和先进个人进行表彰。
2009年1月13日至15日 国务院南水北调办在北京组织召开南水北调工程质量监督工作座谈会暨业务培训，总结交流质量监督工作，对有关技术标准进行培训，部署2009年质量监督工作。
2009年2月12日 河南省人民政府办公厅出台《关于进一步推进南水北调中线工程丹江口库区移民新村建设的意见》。
2009年2月22日至27日 为贯彻落实国务院南水北调建委会第三次全体会议“要抓紧编制丹江口库区及上游经济社会发展规划”精神，尽快完成好规划编制工作，国家发展改革委、国务院南水北调办联合组成调研组赴丹江口库区及上游三省进行现场调研。
2009年2月26日 南水北调中线兴隆水利枢纽工程开工建设，标志着南水北调东、中线七省市全部开工。
2009年3月3日 国务院南水北调办以国调办综[2009]18号文件印发《国务院南水北调工程建设委员会办公室新闻宣传工作管理办法》。
2009年3月3日 《中国南水北调工程建设年鉴》编纂工作会议在北京组织召开，交流年鉴编纂工作经验，强化年鉴编纂质量意识，提高年鉴撰写质量和编辑水平。
2009年3月19日 国务院南水北调工程建设委员会专家委员会工作座谈会在北京召开。
2009年3月16日至22日 全国人大常委会副委员长、九三学社中央主席韩启德率领由九三学社中央和国务院八部委组成的调研组，深入河南省南阳市、湖北省十堰市、陕西省商洛市等中线工程水源地9个县（区），实地查看水源保护工作。
2009年3月25日 国务院南水北调办以国调办投计[2009]31号文件印发《南水北调工程建设投资计划管理办法》。
2009年3月26日 国务院南水北调办在北京组织召开加快南水北调工程建设座谈会。
2009年4月2日 南水北调系统网络宣传工作会议在北京召开，安排部署南水北调网络展览有关事宜。
2009年4月28日 南水北调中线北京市内配套工程暨南干渠、大宁调蓄水库工程开工建设。
2009年4月28日至29日 南水北调工程质量安全工作会议在河南省郑州市召开，总结2008年南水北调工程建设质量和安全工作，研究部署2009年工程建设质量和安全工作目标和任务，并对2008年度南水北调工程建设质量安全管理先进单位和个人进行表彰。
2009年5月12日 国务院南水北调办下发通知，要求确保南水北调各在建工程和完工项目安全度汛，保障南水北调工程建设顺利进行。
2009年5月13日 国务院南水北调办召开治理“小金库”工作领导小组第一次全体会议，传达全国“小金库”治理工作电视电话会议精神，审议通过《国务院南水北调办开展“小金库”专项治理工作实施方案》。
2009年5月18日至23日 国务院南水北调办组织人民日报、新华社、中央电视台等中央新闻媒体记者赴南水北调工程现场开展重点宣传报道活动。
2009年5月23日至25日 南水北调丹江口库区移民试点及干线工程征迁工作现场经验交流会在河南省郑州市召开，总结交流南水北调工程征地移民工作经验，要求加快推进和努力做好征地移民工作。
2009年5月26日 南水北调中线京石段应急供水工程圆满完成国务院确定的应急供水任务，对缓解首都北京的缺水状况，确保北京供水安全起到重要作用。
2009年6月4日 南水北调东线一期南四湖至东平湖段输水与航运结合工程开工建设。
2009年6月14日 湖北省政府召开全省南水北调中线工程丹江口库区移民实施规划工作会议，全面部署丹江口库区移民实施规划工作。
2009年6月16日至17日 全国人大常委、环资委主任委员汪光焘率领调研组就丹江口库区水质保护情况和调水对汉江中下游影响情况进行调研，实地考察丹江口水库大坝加高工程和水库水质状况。
2009年6月20日 南水北调中线丹江口大坝加高工程实现坝顶全线贯通，两台500吨级坝顶门机具备启闭闸门条件，标志着丹江口大坝加高工程实现重大阶段性目标。
2009年6月26日 南水北调中线天津干线天津市1段卫河倒虹吸箱涵主体工程完工。
2009年6月30日 南水北调东线洪泽湖至骆马湖段工程开工建设。
2009年7月16日至17日 河南省委、政府分别召开省委常委会议和省政府常务会议，专题研究部署南水北调丹江口库区移民安置工作，并顺利通过了省南水北调办、省政府移民办拟定的《南水北调丹江口库区移民安置工作实施方案》。会议要求，进一步统一思想，提高认识，下定决心，坚定信心，举河南省之力，采取有力措施，积极主动打好移民安置攻坚战，确保移民任务圆满完成。
2009年7月28日 南水北调中线河南郑州段工程开工建设，标志着中线黄河以南工程建设进入新阶段。
2009年7月29日 南水北调中线天津干线河北境内工程开工建设，标志着中线一期工程天津干线天津、河北两省市境内工程全面开工建设。
2009年7月29日至30日 河南省委、省政府在南阳市淅川县召开全省南水北调丹江口库区大规模移民动员大会，安排部署库区移民工作。
2009年8月12日至31日 国家发展改革委与国务院南水北调办组织联合专家组对江苏省、山东省部分截污导流工程项目进行稽查。
2009年8月14日 国务院南水北调办在北京召开南水北调工程建设领域突出问题专项治理工作动员大会。
2009年8月16日 河南省南水北调丹江口库区试点移民搬迁启动，首批来自南水北调丹江口库区淅川县滔河乡姬家营的300多名移民喜迁新居。
2009年8月17日至23日 国务院南水北调工程建委会专家委对南水北调东、中线工程质量进行调研。
2009年8月19日 南水北调工程征地移民维稳工作座谈会在北京召开。
2009年8月20日 湖北省首批移民搬迁在襄樊市惠岗村和荆门市新河村同时启动。
2009年8月 由国务院南水北调办会同交通部、环境保护部、住房城乡建设部、国土资源部和国家安监总局联合组成调研组，赴江苏省扬州、淮安、宿迁、徐州及山东省枣庄、济宁六市开展东线京杭运河航运水污染防治工作调研。
2009年9月16日 原中共中央政治局委员、全国人大常委会副委员长姜春云一行到湖北省丹江口市就中线丹江口库区经济发展以及环境保护、水污染防治进行调研。
2009年9月21日 南水北调工程网络展览和网站群顺利开通，以庆祝新中国成立60周年。
2009年9月22日 河南省南水北调丹江口库区移民安置指挥部在郑州市召开会议，安排部署移民安置对接工作。
2009年9月29日 南水北调东线济平干渠开闸向小清河补充水源。
2009年10月16日至11月19日 中央扩大内需促进经济增长政策落实检查工作领导小组第二十三检查组对国务院南水北调办及南水北调工程新增中央投资涉及的19个项目进行专项检查。
2009年10月20日 河南省南水北调丹江口库区第一批移民实施动员大会在郑州市召开，总结丹江口库区移民安置工作，明确2010年移民搬迁目标任务。
2009年10月22日至29日 国务院南水北调工程建设委员会专家委对南水北调东线治污工作进行调研。
2009年11月3日至10日 国务院南水北调办、财政部等单位组成调研组，赴丹江口库区及上游河南、湖北、陕西三省有关市县，检查生态补偿资金安排使用情况，研究完善生态补偿工作机制的措施。
2009年11月16日 南水北调东线江苏段泗洪站枢纽工程开工建设，标志着东线江苏段新开辟的运西线工程进入全面实施阶段。
2009年11月22日至23日 香港工程师考察团赴南水北调中线工程进行考察。
2009年11月28日至30日 南水北调工程水资源保护培训研讨班在广东省深圳市举办。
2009年11月28日至12月5日 国务院南水北调办委托河南省南水北调办对南水北调中线总干渠膨胀土（南阳）试验段工程进行稽察。
2009年12月1日 国务院南水北调工程建设委员会第四次全体会议在北京召开，总结建委会第三次全体会议以来南水北调工程建设工作，研究存在的问题，部署2010年工程建设任务。中共中央政治局常委、国务院副总理、国务院南水北调工程建设委员会主任李克强主持会议并讲话。李克强强调，要坚持节约资源、保护环境的基本国策，加强统筹协调，优质高效地开展工作，把南水北调工程建成节约利用水资源、保护生态环境的惠民工程。中共中央政治局委员、国务院副总理、国务院南水北调工程建设委员会副主任回良玉出席会议并讲话。全国政协副主席、科技部部长万钢出席会议。
2009年12月9日 南水北调系统宣传工作暨网络展览总结表彰会议在江苏省南京市召开，总结南水北调宣传及网络展览工作，并对南水北调宣传工作先进集体和先进个人、网络展览优秀展区和优秀组织单位进行了表彰。
2009年12月18日 国务院南水北调办印发《关于进一步加强南水北调工程质量管理和质量监督工作的意见》（国调办建管[2009]241号）。
2009年12月19日 河北省南水北调工程建设委员会第三次全体会议召开，强调要高标准、高质量完成工程建设各项任务，努力建设一流的精品工程、阳光工程、民心工程。
2009年12月22日 南水北调中线穿黄工程ii-a“穿越号”盾构机顺利到达黄河南岸工作竖井，标志着穿黄上游线过河段隧洞顺利贯通，中线穿黄工程建设取得重大阶段性胜利。
2009年12月23日至24日 国家发展改革委会同国务院南水北调办、交通运输部、环境保护部、住房和城乡建设部、国土资源部、国家安监总局等有关部委，在北京召开江苏、山东两省《南水北调东线京杭运河航运水污染防治设施建设方案》审查会。
2009年12月24日 国务院南水北调办下发通知，要求做好2010年元旦春节期间安全生产工作。
2009年12月25日 丹江口库区及上游水污染防治和水土保持部际联席会议办公室召开《丹江口库区及上游水污染防治和水土保持规划》修编大纲起草工作讨论会议，标志着《规划》修编工作已经全面启动。
2009年12月25日 河南省召开南水北调中线工程建设领导小组全体成员会议，要求各级各部门进一步增强做好南水北调工作的责任感、使命感和紧迫感，倾全省之力支持好、服务好工程建设，全力打好南水北调攻坚战，确保各项目标任务圆满完成。
2009年12月26日 南水北调中线兴隆水利枢纽工程实现大江截流。
2009年12月28日至29日 2010年南水北调工程建设工作会议在河南省郑州市召开，贯彻落实中央经济工作会议和国务院南水北调建委会第四次全体会议精神，总结工程建设取得的经验，分析南水北调工程建设面临的形势和任务，研究部署2010年南水北调工程建设工作。
2009年12月30日 南水北调中线一期工程总干渠沙河南至黄河南沙河渡槽段工程开工建设，标志着中线黄河以南工程加快建设。
2009年12月30日 南水北调东线一期工程泗阳站工程开工建设。