根据《总体规划》，南水北调工程实行“政府宏观调控、准市场机制运作、现代企业管理和用水户参与”的体制原则。实行政企分开、政事分开，按现代企业制度组建南水北调项目法人，由项目法人对工程建设、管理、运营、债务偿还和资产保值增值全过程负责。

    南水北调工程建设管理体制的总体框架分为政府行政监管、工程建设管理和决策咨询三个方面。

    1．政府行政监管：国务院南水北调工程建设委员会作为工程建设高层次的决策机构,决定南水北调工程建设的重大方针、政策、措施和其他重大问题。国务院南水北调办公室作为建设委员会的办事机构，负责研究提出南水北调工程建设的有关政策和管理办法，起草有关法规草案；协调国务院有关部门加强节水、治污和生态环境保护；对南水北调主体工程建设实施政府行政管理。

    工程沿线各省、直辖市成立南水北调工程建设领导小组，下设办事机构，贯彻落实国家有关南水北调工程建设的法律、法规、政策、措施和决定；负责组织协调征地拆迁、移民安置；参与协调省、自治区、直辖市有关部门实施节水治污及生态环境保护工作，检查监督治污工程建设；受国务院南水北调办委托，对委托由地方南水北调建设管理机构管理的主体工程实施部分政府管理职责，负责地方配套工程建设的组织协调，研究制定配套工程建设管理办法。

    2．工程建设管理：南水北调工程建设管理以南水北调工程项目法人为主导，包括承担南水北调工程项目管理、勘测设计、监理、施工、咨询等建设业务单位的合同管理及相互之间的协调和联系。

    南水北调工程项目法人是工程建设和运营的责任主体。建设期间，主体工程的项目法人对主体工程建设的质量、安全、进度、筹资和资金使用负总责；负责组织编制单项工程初步设计；协调工程建设的外部关系。

    承担南水北调工程项目管理、勘测(包括勘察和测绘)设计、监理、施工等业务的单位，通过竞争方式择优选用，实行合同管理。

    3．决策咨询：成立南水北调工程建设委员会专家委员会。主要任务是对南水北调工程建设中的重大技术、经济、管理及质量等问题进行咨询；对南水北调工程建设中的工程建设、生态环境、移民工作的质量进行检查、评价和指导；有针对性地开展重大专题的调查研究活动。