根据国务院南水北调工程建设委员会批准的《项目法人组建方案》,工程建设阶段,对于主体工程,分别组建南水北调东线江苏水源有限责任公司、南水北调东线山东干线有限责任公司、南水北调中线水源有限责任公司和南水北调中线干线有限责任公司(南水北调中线干线工程建设管理局);汉江中下游治理工程由湖北省组建项目法人,负责相应工程建设和运行管理。
至2005年初,南水北调东线一期、中线一期工程四个项目法人已经组建到位,内部组织机构、队伍建设也基本健全,并开始履行项目法人职责。2005年11月,湖北省正式明确省南水北调工程建设管理局作为汉江中下游治理工程项目法人。至此,在建的南水北调东中线一期工程五个项目法人已经组建,并在工程建设管理中发挥责任主体的作用。